主人公·焰莲回到曾经住过的街道·神之原，感受到了违和感。他确实应该在这条街道住过，却对那时的事情没有记忆。此时，莲的智能手机突然被安装了从没见过的游戏，其名为《怪物弹珠》。他带着从手机中飞向现实世界的怪物，在街道中展开了战斗!经过战斗，莲注意到了在自己体内沉睡的谜之记忆的正体，以及，怪物弹珠究竟是何物。与握有钥匙的水泽葵、影月明、若叶皆实一起，如今的莲正迈出通往谜团的一步，对于前方沉睡着无法想象的真相一事，仍然一无所知。
怪物弹珠动画版为“怪物弹珠”所制作的动画，制作公司为“云雀工作室”与“Ultra Super Pictures”。
动画版于2015年10月10日在视频网站YouTube上公开放送。
2015年5月12日，mixi社长森田仁基发表了公司旗下游戏《怪物弹珠》的新企划，内容包括动画化及3DS版游戏的发售，其中网络动画将以每集7分钟左右的短篇形式制作 ，第一季分两期。
第一期于2015年10月10日起在YouTube上全球同步更新，至2016年1月2日完结。共14集。 第二期2016年3月16日开始更新，至2016年12月3日完结。共38集。 第二季于2017年4月1日至9月2日播出。共23集。
第二季 消失的宇宙篇于2017年10月7日开始更新。共13集。第三季路西法反叛的堕天使篇于7月8日开始更新。
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